Le Daily Planet est racheté par Morgan Edge dont l'une des premières décisions est de renvoyer Clark Kent. Le même jour, le journaliste perd sa mère. Il se rend à Smallville pour les funérailles de la vieille dame, accompagné de son épouse Loïs Lane et de leurs jumeaux, Jonathan et Jordan...

Alors qu'ils tentent de se faire à leur nouvelle vie à Smallville, Loïs et Clark prennent une importante décision concernant Jordan, qui ne devra pas aller en cours tant que ses pouvoirs n'auront pas été évalués. De son côté, Jonathan doit faire face à l'hostilité de Sean et de toute l'équipe de football...

Clark partage son histoire avec Jordan et Jonathan durant le petit-déjeuner familial. Loïs et Chrissy cherchent à découvrir la vérité au sujet de Morgan Edge. En se rendant à un rendez-vous avec une certaine Sharon Powell, qui a des révélations à lui faire, Loïs tombe dans un piège...

Depuis son déménagement à Smallville, Superman est absent du ciel de Metropolis. La criminalité dans la ville augmente de façon inquiétante. Sam Lane n'accepte pas le choix de Clark de faire passer son rôle de père avant sa responsabilité de super-héros. Tag a développé un super-pouvoir qu'il ne contrôle pas...

Alors que Smallville célèbre sa première fête des récoltes depuis le décès de Martha, Clark se souvient de ce que cette fête représentait pour elle et tente de transmettre cette passion à sa famille. De son côté, Loïs fait une avancée dans l'enquête sur Morgan Edge. Derek refait surface, doté de pouvoirs extraordinaires...

Tag tente d'échapper au département de la Défense. L'adolescent est désorienté et effrayé par ses nouveaux pouvoirs. Il s'en prend à Jordan pour essayer de comprendre ce qui lui arrive, mais s'enfuit à l'arrivée de Superman. Après sa confrontation avec Tag, Jordan souffre de terribles migraines...

Les pouvoirs de Jordan évoluent, mais il ne les contrôle pas encore. Loïs arrange une rencontre entre Superman et Marcus Bridgewater, afin que celui-ci révèle sa véritable identité. Le rendez-vous se passe mal : Marcus attaque le super-héros. Celui-ci s'en sort grâce à l'intervention des jumeaux...

Voyant que Jonathan s'est mis dans une situation dangereuse qui a bien failli lui coûter la vie, Loïs est submergée par des souvenirs douloureux. Clark l'encourage alors à demander de l'aide et à parler à une psychologue. Sarah prépare une audition pour le futur spectacle musical du lycée...

Loïs, Chrissy et Clark tentent de comprendre pourquoi Morgan Edge s'intéresse tant à Smallville. Ils épluchent les dossiers des derniers sujets à avoir été recrutés. Lana essaie de savoir en quoi consiste le programme d'intégration des nouvelles recrues. Jordan est infecté par le gaz à la kryptonite synthétique respiré par son père. Il est transporté à la Forteresse pour y être soigné...

Superman apprend que Morgan Edge est son demi-frère, Tal Roh, né de la première union de sa mère avec Zeta-Rho. Celui-ci dévoile son plan à Kal-El. A l'aide de l'Eradicator, il veut faire renaître le peuple de Krypton dans des corps d'humains, condamnant par là même toute l'humanité. Mais l'Eradicator, qui a été inventé par la mère de Superman, n'était pas destiné à détruire les peuples...

Manipulé par Tal-Rho, Kal-El revit tous les grands moments de sa vie, jusqu'à se voir poser un ultimatum : soit il accepte de rejoindre les Kryptoniens, soit sa famille terrienne sera tuée. Alors que Edge / Tal-Rho s'apprête à s'en prendre à Loïs, Superman rassemble ses forces et intervient. Il accepte finalement de se soumettre pour sauver son épouse et ses enfants...

Superman lutte pour rester lui-même et ne pas céder sa conscience à celle de Zod. Jordan et Jonathan tentent de mettre à profit les pouvoirs de Jordan pour localiser leur père. Le général Lane se rapproche de John Henry Irons pour qu'il neutralise Superman à l'aide d'une arme solaire. Loïs fait tout pour les en dissuader...

Lorsque la population de Smallville commence à se remettre des méfaits de Morgan Edge, Lana et Kyle deviennent les boucs-émissaires de la colère des habitants. Après l'arrestation de Larr, le dernier Kryptonien, Sam Lane veut démanteler le projet 7734, contre l'avis de Superman...

Cela fait trois semaines que Morgan Edge s'est échappé. Tout le monde craint qu'il ne reste une menace pour la sécurité des habitants de Smallville. Ces derniers sont en colère contre général Lane, qui ne partage aucune information avec eux sur le fugitif. Les Cushing envisagent de quitter la petite ville...

Le pire cauchemar de Superman et de Loïs se réalise : Jordan est prisonnier de Tal-Rho, devenu l'Eradicator. Celui-ci parvient à transformer six militaires du ministère de la Défense en Kryptoniens et les utilise pour semer le chaos à Smallville. Avec l'aide de John Henry Irons, Superman tente de sauver son fils...